diff --git a/Documents/Masterarbeit/data/common/common_pkg-cfg.tex b/Documents/Masterarbeit/data/common/common_pkg-cfg.tex
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..076a90bf7afd9860f64dc028263377c849176327
--- /dev/null
+++ b/Documents/Masterarbeit/data/common/common_pkg-cfg.tex
@@ -0,0 +1,29 @@
+\newif\ifreport
+\newif\ifbeamer
+
+\usepackage[utf8]{inputenc}
+\usepackage[T1]{fontenc}
+% \usepackage[ngerman]{babel}
+% \usepackage[babel,german=quotes]{csquotes}
+\usepackage{lmodern}
+\usepackage{color}
+\usepackage[table]{xcolor}
+\usepackage[pict2e]{struktex} % fuer Struktogramme (siehe Hauptteil)
+\usepackage{listings} % fuer code schnipsel
+\usepackage{graphicx} % einbinden von Bildern etc.
+\usepackage{tikz} % fuer Vektorgrafiken
+\usepackage[export]{adjustbox} % border um grafik in tikz
+\usepackage{pgfplots} % Für colorbar Legende. Hier: (nur) Warning, da PGF 2.00 installiert, ab er PGF 2.10 benoetigt.
+% \usepackage{pgf-uml}
+\usepackage{fancyref} % fuer Referenzierung von Abbildungen
+\usepackage{tabularx}
+\usepackage{amssymb} % fuer tabularx
+\usepackage{amsmath} % fuer \align im mathemodus
+\usepackage{textcomp}
+\usepackage{appendix}
+\usepackage{wrapfig} % grafik und text nebeneinander
+\usepackage{float} % fuer [H] um figure auf Seite zu zwingen. Muss vor hyperref geladen werden
+\usepackage[hidelinks]{hyperref}
+\usepackage{transparent}
+\usepackage{subcaption} % for subfigures
+\usepackage{pdfpages}
\ No newline at end of file
diff --git a/Documents/Masterarbeit/data/common/common_pkg-cfg.tex.backup b/Documents/Masterarbeit/data/common/common_pkg-cfg.tex.backup
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..75a199663cbbbfabb07916a3faf2fcf798d17e79
--- /dev/null
+++ b/Documents/Masterarbeit/data/common/common_pkg-cfg.tex.backup
@@ -0,0 +1,30 @@
+\newif\ifreport
+\newif\ifbeamer
+
+\usepackage[utf8]{inputenc}
+\usepackage[T1]{fontenc}
+\usepackage[ngerman]{babel}
+\usepackage[babel,german=quotes]{csquotes}
+\usepackage{lmodern}
+\usepackage{color}
+\usepackage[table]{xcolor}
+\usepackage[pict2e]{struktex} % fuer Struktogramme (siehe Hauptteil)
+\usepackage{listings} % fuer code schnipsel
+\usepackage{graphicx} % einbinden von Bildern etc.
+\usepackage{tikz} % fuer Vektorgrafiken
+\usepackage[export]{adjustbox} % border um grafik in tikz
+\usepackage{pgfplots}
+% \usepackage{pgf-uml}
+\usepackage[german]{fancyref} % fuer Referenzierung von Abbildungen, ohne [german] Kleinschreibung
+\usepackage{tabularx}
+\usepackage{amssymb} % fuer tabularx
+\usepackage{amsmath} % fuer \align im mathemodus
+\usepackage{textcomp}
+\usepackage{appendix}
+\usepackage{wrapfig} % grafik und text nebeneinander
+\usepackage{float} % fuer [H] um figure auf Seite zu zwingen. Muss vor hyperref geladen werden
+\usepackage[hidelinks]{hyperref}
+\usepackage{transparent}
+\usepackage{subcaption} % for subfigures
+\usepackage{pdfpages}
+\usepackage{enumitem}
\ No newline at end of file
diff --git a/Documents/Masterarbeit/data/common/config.tex b/Documents/Masterarbeit/data/common/config.tex
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..df2ea7c4172f7efa5ddf6c4747eff9820253a8d5
--- /dev/null
+++ b/Documents/Masterarbeit/data/common/config.tex
@@ -0,0 +1,199 @@
+
+% Definitionen von Farben
+\definecolor{pblue}{rgb}{0.13,0.13,1}
+\definecolor{pgreen}{rgb}{0,0.5,0}
+\definecolor{pred}{rgb}{0.9,0,0}
+\definecolor{pgrey}{rgb}{0.46,0.45,0.48}
+
+% eigene commands
+\newcommand{\good}{\textbf{\checkmark}}
+\newcommand{\bad}{\textbf{\texttimes}}
+\newcolumntype{Z}{>{\centering\let\newline\\\arraybackslash\hspace{0pt}}X}
+% neuer operator fuer mathemodus
+\DeclareMathOperator{\atantwo}{atan2}
+
+% einstellungen fuer tikz border (frame)
+\setlength{\fboxsep}{0pt}% abstand zum bild
+\setlength{\fboxrule}{1pt}% dicke der linie
+
+%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
+% Alles fuer Bachelor Arbeit %
+%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
+\ifreport
+
+% nur hier und nicht in Praesentation, da dort Fehler
+\usepackage{enumitem}
+
+% Bibliographie
+\usepackage[backend=biber,sorting=none]{biblatex} % sorting=none: Reihenfolge der Zitate in der Arbeit wird genommen
+\addbibresource{data/content/literatur.bib}
+\NewBibliographyString{gethesis} % Master- und Diplomarbeit definieren
+\DefineBibliographyStrings{ngerman}{%
+ mathesis = {Masterarbeit},
+ gethesis = {Diplomarbeit},
+}
+
+% tikzlibraries
+\usetikzlibrary{shadows}
+\usetikzlibrary{decorations.pathreplacing}
+
+% margins
+\setlength{\topmargin}{10pt}
+\setlength{\headheight}{14.5pt}
+\setlength{\voffset}{-0.5cm}
+\setlength{\textheight}{22cm}
+\setlength{\textwidth}{14cm}
+\setlength{\evensidemargin}{1.5cm}
+\setlength{\oddsidemargin}{0.5cm}
+
+% 'Anhang' statt 'Appendix' --> appendix ist im language Paket Babel nicht mit drin
+% \addto\captionsngerman{\let\appendixtocname\appendixname%
+% \let\appendixpagename\appendixname}
+
+% scrreprt (KOMA-script): Abstand neuer Kapitel vom oberen Rand
+\renewcommand*{\chapterheadstartvskip}{\vspace*{0.5cm}}
+
+%Header
+\usepackage{fancyhdr}
+\pagestyle{fancy}
+\renewcommand{\chaptermark}[1]{\markboth{\textsc{\ #1}}{}}
+\renewcommand{\sectionmark}[1]{\markright{#1\ }{}}
+\lhead[\textbf{\thepage} \leftmark]{}
+\rhead[]{\rightmark\ \textbf{\thepage}}
+\cfoot{}
+% redefine plain
+\fancypagestyle{plain}{%
+ % damit ist auch auf 'chapter' Seiten fancy
+}
+% define Appendix style
+\fancypagestyle{end}{%
+ \fancyhead{}
+% \fancyhead[RE]{\chaptername~\thechapter}
+ \fancyhead[LO]{\textsc{Anhang}} % left odd: Anhang
+ \fancyhead[LE,RO]{\textbf{\thepage}}
+}
+
+% \renewcommand{\baselinestretch}{1.25}
+
+%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
+% Alles fuer Praesentation %
+%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
+\else\ifbeamer
+
+\mode<presentation> {
+ \usetheme{Juelich}
+ \setbeamertemplate{slide counter}[showall][] % Foliennummerierung, 2. Argument [] statt 'Folie'
+ }
+\usepackage{helvet} % Schriftart!
+
+% Bibliographie
+\usepackage[backend=biber,sorting=none]{biblatex} % sorting=none: Reihenfolge der Zitate in der Arbeit wird genommen
+\addbibresource{../latex/data/content/literatur.bib}
+\NewBibliographyString{gethesis} % Master- und Diplomarbeit definieren
+\DefineBibliographyStrings{ngerman}{%
+ mathesis = {Masterarbeit},
+ gethesis = {Diplomarbeit},
+}
+\nocite{*} % alles auch ohne \cite anzeigen
+\renewcommand*{\bibfont}{\tiny} % Schriftgroesse klein, damit nicht 20mio. Folien literatur
+
+%neue commands
+\renewcommand{\emph}[1]{\structure{#1}}
+
+% Title page: Juelich leicht abgewandelt
+% zeigt Institut mit an ( Datum | Institut | Autor )
+\defbeamertemplate*{title page}{Juelich_custom}
+{%
+ \setbox1=\vbox{%
+ \begin{beamercolorbox}[sep=8pt,left]{subtitle}
+ \usebeamerfont{subtitle}\inserttitle\par%
+ \ifx\insertsubtitle\@empty%
+ \else%
+ \vskip0.25em%
+ {\usebeamerfont{subtitle}\usebeamercolor[fg]{subtitle}\insertsubtitle\par}%
+ \fi%
+ \end{beamercolorbox}%
+ \vskip2em\par
+ \begin{beamercolorbox}[sep=8pt,left]{author}
+ {\usebeamerfont{date}\usebeamercolor[fg]{author}\insertdate}%
+ \hskip0.5em%
+ {\usebeamercolor[fg]{author}\vrule width0.3pt}%
+ \hskip0.5em%
+ {\usebeamerfont{author}\usebeamercolor[fg]{author}\insertinstitute}%
+ \hskip0.5em%
+ {\usebeamercolor[fg]{author}\vrule width0.3pt}%
+ \hskip0.5em%
+ {\usebeamerfont{author}\usebeamercolor[fg]{author}\insertauthor}%
+ \end{beamercolorbox}\vskip0.5em
+ {\usebeamercolor[fg]{titlegraphic}\inserttitlegraphic\par}
+ }%
+ \moveleft6mm\box1%
+}
+
+% Header abgewandelt: zeigt ein navigationspanel an
+% 0.7\paperwidth bzw. 0.54\paperwidth anpasssen, je nach Bedarf
+\defbeamertemplate*{headline}{show overview} % \setbeamertemplate{headline}[show overview] zum einblenden
+{
+ \usebeamercolor{fzjblue50} % blaue hintergrundfarbe der Box
+ \setbeamercolor{section in head/foot}{bg=black,fg=white} % weisse und schwarze Schrift der Kapitel
+ \leavevmode%
+ \hbox{%
+ \begin{beamercolorbox}[leftskip=7.5mm,ht=10mm,dp=0mm]{header}
+ \begin{tikzpicture}
+ \fill[fill=bg,rounded corners] (0.54,0.04) rectangle(0.665\paperwidth,0.6); % blaue box
+ \node[anchor= west] at (0.3,0.3){\insertsectionnavigationhorizontal{0.7\paperwidth}{}{\hskip0pt plus1filll}}; % nav.panel
+ \end{tikzpicture}
+ \vspace{0.25cm}
+ \end{beamercolorbox}
+ }
+}
+\defbeamertemplate*{headline}{hide overview} % nav.panel ausblenden
+{
+\begin{beamercolorbox}[leftskip=7.5mm,ht=10mm,dp=0mm]{header}
+\end{beamercolorbox}
+}
+
+%%% Section als Zwischenfolien im Corporate Design...Sonst funktioniert das section-nav-panel nicht
+% \AtBeginSection[]{
+% \setbeamertemplate{background canvas}[JuelichTitle]
+% \setbeamertemplate{sidebar canvas left}[JuelichTitle]
+% \setbeamertemplate{sidebar right}[JuelichTitle]
+% \setbeamertemplate{headline}[hide overview]
+%
+% \begin{frame}[t]
+% \vskip-\headheight%
+% \vbox{}%
+% \vskip48mm%
+% \vskip-44pt%
+% \usebeamerfont{subtitle}
+% \usebeamercolor[fg]{subtitle}
+% %%% If Abfragen um langen Section-Titel auf der Folie zu haben
+% \ifnum\thesection=1
+% 3D-Polarized-Light-Imaging (3D-PLI)
+% \else\ifnum\thesection=4
+% Zusammenfassung und \insertsection
+% \else
+% \insertsection
+% \fi\fi
+% %%%
+% \vskip5em\par
+% \begin{beamercolorbox}[sep=8pt,left]{author}
+% {\usebeamerfont{date}\usebeamercolor[fg]{author}\insertdate}%
+% % \hskip0.5em%
+% % {\usebeamercolor[fg]{author}\vrule width0.3pt}%
+% % \hskip0.5em%
+% % {\usebeamerfont{author}\usebeamercolor[fg]{author}Kolloquium}%
+% \hskip0.5em%
+% {\usebeamercolor[fg]{author}\vrule width0.3pt}%
+% \hskip0.5em%
+% {\usebeamerfont{author}\usebeamercolor[fg]{author}\insertauthor}%
+% \end{beamercolorbox}\vskip0.5em
+% % \vfill%
+% \end{frame}
+% \setbeamertemplate{headline}[show overview]
+% \setbeamertemplate{sidebar right}[Juelich]
+% \setbeamertemplate{sidebar canvas left}[Juelich]
+% \setbeamertemplate{background canvas}[Juelich]
+% }
+
+\fi\fi
diff --git a/Documents/Masterarbeit/data/common/config.tex.backup b/Documents/Masterarbeit/data/common/config.tex.backup
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..fb600c9a8101859abcc26c75acd5ec8b27376847
--- /dev/null
+++ b/Documents/Masterarbeit/data/common/config.tex.backup
@@ -0,0 +1,199 @@
+
+% Definitionen von Farben
+\definecolor{pblue}{rgb}{0.13,0.13,1}
+\definecolor{pgreen}{rgb}{0,0.5,0}
+\definecolor{pred}{rgb}{0.9,0,0}
+\definecolor{pgrey}{rgb}{0.46,0.45,0.48}
+
+% eigene commands
+\newcommand{\good}{\textbf{\checkmark}}
+\newcommand{\bad}{\textbf{\texttimes}}
+\newcolumntype{Z}{>{\centering\let\newline\\\arraybackslash\hspace{0pt}}X}
+% neuer operator fuer mathemodus
+\DeclareMathOperator{\atantwo}{atan2}
+
+% einstellungen fuer tikz border (frame)
+\setlength{\fboxsep}{0pt}% abstand zum bild
+\setlength{\fboxrule}{1pt}% dicke der linie
+
+%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
+% Alles fuer Bachelor Arbeit %
+%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
+\ifreport
+
+% nur hier und nicht in Praesentation, da dort Fehler
+\usepackage{enumitem}
+
+% Bibliographie
+\usepackage[backend=biber,sorting=none]{biblatex} % sorting=none: Reihenfolge der Zitate in der Arbeit wird genommen
+\addbibresource{data/content/literatur.bib}
+\NewBibliographyString{gethesis} % Master- und Diplomarbeit definieren
+\DefineBibliographyStrings{ngerman}{%
+ mathesis = {Masterarbeit},
+ gethesis = {Diplomarbeit},
+}
+
+% tikzlibraries
+\usetikzlibrary{shadows}
+\usetikzlibrary{decorations.pathreplacing}
+
+% margins
+\setlength{\topmargin}{10pt}
+\setlength{\headheight}{14.5pt}
+\setlength{\voffset}{-0.5cm}
+\setlength{\textheight}{22cm}
+\setlength{\textwidth}{14cm}
+\setlength{\evensidemargin}{1.5cm}
+\setlength{\oddsidemargin}{0.5cm}
+
+% 'Anhang' statt 'Appendix' --> appendix ist im language Paket Babel nicht mit drin
+\addto\captionsngerman{\let\appendixtocname\appendixname%
+\let\appendixpagename\appendixname}
+
+% scrreprt (KOMA-script): Abstand neuer Kapitel vom oberen Rand
+\renewcommand*{\chapterheadstartvskip}{\vspace*{0.5cm}}
+
+%Header
+\usepackage{fancyhdr}
+\pagestyle{fancy}
+\renewcommand{\chaptermark}[1]{\markboth{\textsc{\ #1}}{}}
+\renewcommand{\sectionmark}[1]{\markright{#1\ }{}}
+\lhead[\textbf{\thepage} \leftmark]{}
+\rhead[]{\rightmark\ \textbf{\thepage}}
+\cfoot{}
+% redefine plain
+\fancypagestyle{plain}{%
+ % damit ist auch auf 'chapter' Seiten fancy
+}
+% define bib and appendix style
+\fancypagestyle{end}{%
+ \fancyhead{}
+ \fancyhead[RE]{\chaptername~\thechapter}
+ \fancyhead[LO]{\leftmark}
+ \fancyhead[LE,RO]{\thepage}
+}
+
+% \renewcommand{\baselinestretch}{1.25}
+
+%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
+% Alles fuer Praesentation %
+%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
+\else\ifbeamer
+
+\mode<presentation> {
+ \usetheme{Juelich}
+ \setbeamertemplate{slide counter}[showall][] % Foliennummerierung, 2. Argument [] statt 'Folie'
+ }
+\usepackage{helvet} % Schriftart!
+
+% Bibliographie
+\usepackage[backend=biber,sorting=none]{biblatex} % sorting=none: Reihenfolge der Zitate in der Arbeit wird genommen
+\addbibresource{../latex/data/content/literatur.bib}
+\NewBibliographyString{gethesis} % Master- und Diplomarbeit definieren
+\DefineBibliographyStrings{ngerman}{%
+ mathesis = {Masterarbeit},
+ gethesis = {Diplomarbeit},
+}
+\nocite{*} % alles auch ohne \cite anzeigen
+\renewcommand*{\bibfont}{\tiny} % Schriftgroesse klein, damit nicht 20mio. Folien literatur
+
+%neue commands
+\renewcommand{\emph}[1]{\structure{#1}}
+
+% Title page: Juelich leicht abgewandelt
+% zeigt Institut mit an ( Datum | Institut | Autor )
+\defbeamertemplate*{title page}{Juelich_custom}
+{%
+ \setbox1=\vbox{%
+ \begin{beamercolorbox}[sep=8pt,left]{subtitle}
+ \usebeamerfont{subtitle}\inserttitle\par%
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+ }%
+ \moveleft6mm\box1%
+}
+
+% Header abgewandelt: zeigt ein navigationspanel an
+% 0.7\paperwidth bzw. 0.54\paperwidth anpasssen, je nach Bedarf
+\defbeamertemplate*{headline}{show overview} % \setbeamertemplate{headline}[show overview] zum einblenden
+{
+ \usebeamercolor{fzjblue50} % blaue hintergrundfarbe der Box
+ \setbeamercolor{section in head/foot}{bg=black,fg=white} % weisse und schwarze Schrift der Kapitel
+ \leavevmode%
+ \hbox{%
+ \begin{beamercolorbox}[leftskip=7.5mm,ht=10mm,dp=0mm]{header}
+ \begin{tikzpicture}
+ \fill[fill=bg,rounded corners] (0.54,0.04) rectangle(0.745\paperwidth,0.6); % blaue box
+ \node[anchor= west] at (0.3,0.3){\insertsectionnavigationhorizontal{0.7\paperwidth}{}{\hskip0pt plus1filll}}; % nav.panel
+ \end{tikzpicture}
+ \vspace{0.25cm}
+ \end{beamercolorbox}
+ }
+}
+\defbeamertemplate*{headline}{hide overview} % nav.panel ausblenden
+{
+\begin{beamercolorbox}[leftskip=7.5mm,ht=10mm,dp=0mm]{header}
+\end{beamercolorbox}
+}
+
+%%% Section als Zwischenfolien im Corporate Design...Sonst funktioniert das section-nav-panel nicht
+\AtBeginSection[]{
+ \setbeamertemplate{background canvas}[JuelichTitle]
+ \setbeamertemplate{sidebar canvas left}[JuelichTitle]
+ \setbeamertemplate{sidebar right}[JuelichTitle]
+ \setbeamertemplate{headline}[hide overview]
+
+ \begin{frame}[t]
+ \vskip-\headheight%
+ \vbox{}%
+ \vskip48mm%
+ \vskip-44pt%
+ \usebeamerfont{subtitle}
+ \usebeamercolor[fg]{subtitle}
+%%% If Abfragen um langen Section-Titel auf der Folie zu haben
+ \ifnum\thesection=1
+ 3D-Polarized-Light-Imaging (3D-PLI)
+ \else\ifnum\thesection=4
+ Zusammenfassung und \insertsection
+ \else
+ \insertsection
+ \fi\fi
+%%%
+ \vskip5em\par
+ \begin{beamercolorbox}[sep=8pt,left]{author}
+ {\usebeamerfont{date}\usebeamercolor[fg]{author}\insertdate}%
+% \hskip0.5em%
+% {\usebeamercolor[fg]{author}\vrule width0.3pt}%
+% \hskip0.5em%
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+ \hskip0.5em%
+ {\usebeamercolor[fg]{author}\vrule width0.3pt}%
+ \hskip0.5em%
+ {\usebeamerfont{author}\usebeamercolor[fg]{author}\insertauthor}%
+ \end{beamercolorbox}\vskip0.5em
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+ \end{frame}
+ \setbeamertemplate{headline}[show overview]
+ \setbeamertemplate{sidebar right}[Juelich]
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+ \setbeamertemplate{background canvas}[Juelich]
+}
+
+\fi\fi
diff --git a/Documents/Masterarbeit/data/content/abstract.tex b/Documents/Masterarbeit/data/content/abstract.tex
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..5e5b449cfabebb093030edb2f2fbcdc647dfdcdd
--- /dev/null
+++ b/Documents/Masterarbeit/data/content/abstract.tex
@@ -0,0 +1,5 @@
+\begin{abstract}
+
+abstract
+
+\end{abstract}
\ No newline at end of file
diff --git a/Documents/Masterarbeit/data/content/appendix.tex b/Documents/Masterarbeit/data/content/appendix.tex
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..d58ca872f87309ba46a01580880ce92db7634e5d
--- /dev/null
+++ b/Documents/Masterarbeit/data/content/appendix.tex
@@ -0,0 +1,48 @@
+\appendix %\addappheadtotoc
+
+\chapter{Configuration JURECA}
+\label{app:jureca}
+
+\begin{figure}[tbhp]
+ \centering
+ \includegraphics[width=\linewidth]{data/graphics/JURECA.jpg}
+\end{figure}
+
+Hardware Eigenschaften JURECA\footnote{http://www.fz-juelich.de/ias/jsc/EN/Expertise/Supercomputers/JURECA/JURECA\_node.html,\\ Zuletzt besucht am 10. August 2017}:
+
+\begin{itemize}
+ \item 1872 Rechenknoten
+ \begin{itemize}
+ \item Pro Knoten: Zwei Intel Xeon E5-2680 v3 Haswell 12-Kern Prozessoren mit 2,50 GHz
+ \item 75 Knoten mit zwei NVIDIA K80 GPUs \\
+ (2$\times$4992 CUDA Kerne, 2$\times$24 GiB GDDR5 Speicher)
+ \item DDR4-SDRAM (2133 MHz) Technologie: \\
+ 1605 Knoten mit 128 GiB Speicher\\
+ 128 Knoten mit 256 GiB Speicher\\
+ 64 Knoten mit 512 GiB Speicher
+ \end{itemize}
+
+ \item 12 Visualisierungsknoten
+ \begin{itemize}
+ \item Zwei Intel Xeon E5-2680 v3 Haswell CPUs pro Knoten
+ \item Zwei NVIDIA K40 GPUs pro Knoten
+ \item 10 Knoten mit 512 GiB Speicher
+ \item 2 Knoten mit 1024 GiB Speicher
+ \end{itemize}
+
+
+ \item Loginknoten mit 256GiB Speicher pro Knoten
+
+ \item 45216 CPU Kerne
+
+ \item 100 GiB pro Sekunde Speicheranbindung
+\end{itemize}
+
+
+
+% \chapter{Benutzeranleitung}
+% \label{app:user}
+%
+% \textit{TODO:\\
+% 1) Berechnung Gainfaktoren\\
+% 2) Anwendung Gainfaktoren mit MPI}
\ No newline at end of file
diff --git a/Documents/Masterarbeit/data/content/conc.tex b/Documents/Masterarbeit/data/content/conc.tex
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..f313b219cc089ee1d1333f95d1f1e33621cbc740
--- /dev/null
+++ b/Documents/Masterarbeit/data/content/conc.tex
@@ -0,0 +1,8 @@
+\chapter{Conclusion}
+\label{cha:conclusion}
+
+\section{Discussion}
+\label{sec:disc}
+
+\section{Outlook}
+\label{sec:out}
\ No newline at end of file
diff --git a/Documents/Masterarbeit/data/content/design.tex b/Documents/Masterarbeit/data/content/design.tex
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..2cb369ec4c976dc3c9e556eef4f9a7380ece3e39
--- /dev/null
+++ b/Documents/Masterarbeit/data/content/design.tex
@@ -0,0 +1,8 @@
+\chapter{Design}
+\label{cha:design}
+
+\section{Design of the Framework}
+\label{sec:des}
+
+\section{Proof of Concept}
+\label{sec:poc}
\ No newline at end of file
diff --git a/Documents/Masterarbeit/data/content/erklaerung.tex b/Documents/Masterarbeit/data/content/erklaerung.tex
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..a29dfeebb9bde9647d7ca7b87227ae1cffd41d53
--- /dev/null
+++ b/Documents/Masterarbeit/data/content/erklaerung.tex
@@ -0,0 +1,50 @@
+
+\section*{Eidesstattliche Erkl\"arung}
+ \thispagestyle{empty} % ueberschreibt 'plain' von \chapter
+ \label{declaration}
+
+ Hiermit versichere ich, dass ich die Masterarbeit mit dem Thema
+ \textbf{TITEL}
+ selbstständig verfasst und keine anderen als die angegebenen Quellen und Hilfsmittel
+ benutzt habe, alle Ausführungen, die anderen Schriften wörtlich oder sinngemäß
+ entnommen wurden, kenntlich gemacht sind und die Arbeit in gleicher oder ähnlicher
+ Fassung noch nicht Bestandteil einer Studien- oder Prüfungsleistung war.
+ Ich verpflichte mich, ein Exemplar der Masterarbeit fünf Jahre aufzubewahren
+ und auf Verlangen dem Prüfungsamt des Fachbereiches Medizintechnik und Technomathematik
+ auszuhändigen.
+ \vspace{2cm}
+
+ % Ort Datum Unterschrift Linien
+ \begin{tabbing}
+ \rule{5cm}{0.4pt}\=\hspace*{3cm}\=\rule{6cm}{0.4pt}\\
+ \small{Ort und Datum}\>\>\small{Unterschrift}
+ \end{tabbing}
+ \vfill
+
+ % Erst/- Zweitbetreuer bzw. Pruefer
+ \begin{tabular}{ll}
+ \multicolumn{2}{l}{Diese Arbeit wurde betreut von:} \\ \\
+ Prof. Dr. rer. nat. Johannes Grotendorst\\
+ M.Sc. Wouter Klijn\\
+ \end{tabular}
+ \vspace*{2cm}
+
+ % 2 Spalten fuer...
+ \begin{tabular}{p{7cm}p{6cm}}
+
+ \begin{minipage}[t]{7cm}
+ Diese Arbeit wurde erstellt am \\
+ %...Name und Logo vom FZJ
+ J\"ulich Supercomputing Centre \\
+ \end{minipage} &
+ \begin{minipage}{5cm}
+ \includegraphics[width=\textwidth]{data/graphics/fzjlogo}
+ \end{minipage} \\
+ \end{tabular}
+
+% \begin{tabular}{p{10cm}}
+% \begin{minipage}[t]{10cm}
+% in Kooperation mit dem\\
+% Institut für Neurowissenschaften und Medizin (INM-1)
+% \end{minipage}
+% \end{tabular}
diff --git a/Documents/Masterarbeit/data/content/intro.tex b/Documents/Masterarbeit/data/content/intro.tex
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--- /dev/null
+++ b/Documents/Masterarbeit/data/content/intro.tex
@@ -0,0 +1,3 @@
+\chapter{Introduction}
+\label{cha:intro}
+
diff --git a/Documents/Masterarbeit/data/content/methods.tex b/Documents/Masterarbeit/data/content/methods.tex
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..93d34a6eb7657ef056bb8e18fd74e8e636a3c82a
--- /dev/null
+++ b/Documents/Masterarbeit/data/content/methods.tex
@@ -0,0 +1,14 @@
+\chapter{Methods and Software}
+\label{cha:methods}
+
+\section{Nest - Neural Simulation Tool}
+\label{sec:nest}
+
+\section{Elephant - Electrophysiology Analysis Toolkit}
+\label{sec:eleph}
+
+\section{Online Analysis}
+\label{sec:analysis}
+
+\section{Modular Supercomputing}
+\label{sec:modsc}
\ No newline at end of file
diff --git a/Documents/Masterarbeit/data/content/results.tex b/Documents/Masterarbeit/data/content/results.tex
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..d67df2869f9f3630edb49b254c77ef911784f7b8
--- /dev/null
+++ b/Documents/Masterarbeit/data/content/results.tex
@@ -0,0 +1,11 @@
+\chapter{Implementation and Results}
+\label{cha:res}
+
+\section{Results I}
+\label{sec:res1}
+
+\section{Results II}
+\label{sec:res2}
+
+\section{Summary}
+\label{sec:summ}
\ No newline at end of file
diff --git a/Documents/Masterarbeit/data/content/titel.tex b/Documents/Masterarbeit/data/content/titel.tex
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--- /dev/null
+++ b/Documents/Masterarbeit/data/content/titel.tex
@@ -0,0 +1,49 @@
+
+\begin{titlepage}
+ % Titelseite mit FH Logo (v = vertikal, right = balken rechts vom text)
+ \hbox{\rule{0.76\paperwidth}{0pt}\includegraphics[height=150pt]{data/graphics/fhlogo_v_right}}
+
+ \begin{center}
+ \vspace*{-5cm}
+ % FH und Campus
+ \begin{large}\textbf{FH Aachen University of Applied Sciences}\end{large}\\
+ Campus J\"ulich\\
+
+ \vspace{1cm}
+ % Studiengang
+ \begin{large}
+ Department of Medical Engineering and \\
+ Technomathematics\\
+ \end{large}
+
+ \vspace{2cm}
+ % Titel
+ \linespread{1.75}\normalsize
+ \begin{LARGE}\textsf{\textbf{
+ Building an In Situ Coupling Framework of
+ Simulation and Analysis in Scientific Workflows
+ for Modular Supercomputing
+ }}\end{LARGE}\\
+
+ \vspace{2cm}
+ % Name
+ \linespread{1.0}\normalsize
+ A thesis submitted in partial fulfillment\\
+ of the requirements for the degree of \\
+ \vspace{0.3cm}
+ \textbf{\textit{Master of Science}}\\
+
+ \vspace{1.5cm}
+ \begin{large}\textsf{\textbf{Kim Sontheimer}}\end{large}\\
+
+ \vspace{0.3cm}
+ %Datum
+ Jülich, \today\vspace{2.5cm}
+
+% Supervisors: \\
+% Prof. Dr. rer. nat. Johannes Grotendorst\\
+
+
+ \end{center}
+
+\end{titlepage}
\ No newline at end of file
diff --git a/Documents/Masterarbeit/data/content/titel.tex.backup b/Documents/Masterarbeit/data/content/titel.tex.backup
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--- /dev/null
+++ b/Documents/Masterarbeit/data/content/titel.tex.backup
@@ -0,0 +1,36 @@
+
+\begin{titlepage}
+ % Titelseite mit FH Logo (v = vertikal, right = balken rechts vom text)
+ \hbox{\rule{0.77\paperwidth}{0pt}\includegraphics[height=150pt]{data/graphics/fhlogo_v_right}}
+
+ \begin{center}
+ \vspace*{-5cm}
+ % FH und Campus
+ \begin{large}\textbf{Fachhochschule Aachen}\end{large}\\
+ Campus J\"ulich\\
+
+ \vspace{1.5cm}
+ % Studiengang
+ \begin{large}
+ Department of Medical Engineering and \\
+ Technomathematics\\
+ \end{large}
+
+ \vspace{1.5cm}
+ % Titel
+ \linespread{1.75}\normalsize
+ \begin{LARGE}\textsf{\textbf{Titel}}\end{LARGE}\\
+
+ \vspace{1.5cm}
+ % Name
+ \linespread{1.0}\normalsize
+ Thesis von\\
+ \vspace{0.3cm}
+ \begin{large}\textsf{\textbf{Kim Sontheimer}}\end{large}\\
+
+ \vspace{0.3cm}
+ %Datum
+ Jülich, \today\vspace{2.5cm}
+ \end{center}
+
+\end{titlepage}
\ No newline at end of file
diff --git a/Documents/Masterarbeit/data/graphics/JURECA.jpg b/Documents/Masterarbeit/data/graphics/JURECA.jpg
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..fdb0fc4567f07ce1413fd8723e767f0dc6db3128
Binary files /dev/null and b/Documents/Masterarbeit/data/graphics/JURECA.jpg differ
diff --git a/Documents/Masterarbeit/data/graphics/fhlogo_v_right.png b/Documents/Masterarbeit/data/graphics/fhlogo_v_right.png
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index 0000000000000000000000000000000000000000..6be76c846e9b60e3378b416e28ddd287ad256141
Binary files /dev/null and b/Documents/Masterarbeit/data/graphics/fhlogo_v_right.png differ
diff --git a/Documents/Masterarbeit/data/graphics/fzjlogo.jpg b/Documents/Masterarbeit/data/graphics/fzjlogo.jpg
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Binary files /dev/null and b/Documents/Masterarbeit/data/graphics/fzjlogo.jpg differ
diff --git a/Documents/Masterarbeit/masterarbeit.pdf b/Documents/Masterarbeit/masterarbeit.pdf
new file mode 100644
index 0000000000000000000000000000000000000000..81f559c2d3d51dcfe0eb7452a4a9758fc08f8960
Binary files /dev/null and b/Documents/Masterarbeit/masterarbeit.pdf differ
diff --git a/Documents/Masterarbeit/masterarbeit.tex b/Documents/Masterarbeit/masterarbeit.tex
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--- /dev/null
+++ b/Documents/Masterarbeit/masterarbeit.tex
@@ -0,0 +1,63 @@
+\documentclass[a4paper,11pt,twoside,abstract=on]{scrreprt}
+% alle wichtigen definitionen:
+\input{data/common/common_pkg-cfg}
+\reporttrue
+\input{data/common/config}
+
+\begin{document}
+
+ % alle seiten bis 'pageanchor=true' nicht in hyperref
+ % --> verhindert Warnings durch doppelte identifier (unsichtbare seitenzahlen, etc.)
+ \hypersetup{ pageanchor=false }
+ % titelseite, erklaerung und abstract ohne seitennummern
+ \input{data/content/titel}
+ \cleardoublepage\input{data/content/erklaerung}
+ \cleardoublepage\input{data/content/abstract}
+ \cleardoublepage
+ % Roman = grosse roemische Zahlen (roman = kleine)
+ \pagenumbering{Roman}
+ \tableofcontents
+ \clearpage
+ % figures and tables on one page
+ \listoffigures
+ \listoftables
+ %%%
+ \hypersetup{ pageanchor=true }
+
+ % rest in arabic nummerierung
+ \cleardoublepage
+ \pagenumbering{arabic}
+
+ % Introduction
+ \cleardoublepage
+ \input{data/content/intro}
+
+ % Methods / related software
+ \cleardoublepage
+ \input{data/content/methods}
+
+ % Design
+ \cleardoublepage
+ \input{data/content/design}
+
+ % Results
+ \cleardoublepage
+ \input{data/content/results}
+
+ % Conclusion
+ \cleardoublepage
+ \input{data/content/conc}
+
+ % Literatur
+ \cleardoublepage
+ \printbibliography[heading=bibintoc]
+
+ % Anhang
+ \hypersetup{ pageanchor=false }
+ \cleardoublepage
+ \pagenumbering{Roman}\setcounter{page}{1}
+ \pagestyle{end}
+ \input{data/content/appendix}
+ \hypersetup{ pageanchor=true }
+
+\end{document}