Commit d616e5d1 authored by Kim Sontheimer's avatar Kim Sontheimer
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Master thesis skeleton v0.1

parent c65a4301
\newif\ifreport
\newif\ifbeamer
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[T1]{fontenc}
% \usepackage[ngerman]{babel}
% \usepackage[babel,german=quotes]{csquotes}
\usepackage{lmodern}
\usepackage{color}
\usepackage[table]{xcolor}
\usepackage[pict2e]{struktex} % fuer Struktogramme (siehe Hauptteil)
\usepackage{listings} % fuer code schnipsel
\usepackage{graphicx} % einbinden von Bildern etc.
\usepackage{tikz} % fuer Vektorgrafiken
\usepackage[export]{adjustbox} % border um grafik in tikz
\usepackage{pgfplots} % Für colorbar Legende. Hier: (nur) Warning, da PGF 2.00 installiert, ab er PGF 2.10 benoetigt.
% \usepackage{pgf-uml}
\usepackage{fancyref} % fuer Referenzierung von Abbildungen
\usepackage{tabularx}
\usepackage{amssymb} % fuer tabularx
\usepackage{amsmath} % fuer \align im mathemodus
\usepackage{textcomp}
\usepackage{appendix}
\usepackage{wrapfig} % grafik und text nebeneinander
\usepackage{float} % fuer [H] um figure auf Seite zu zwingen. Muss vor hyperref geladen werden
\usepackage[hidelinks]{hyperref}
\usepackage{transparent}
\usepackage{subcaption} % for subfigures
\usepackage{pdfpages}
\ No newline at end of file
\newif\ifreport
\newif\ifbeamer
\usepackage[utf8]{inputenc}
\usepackage[T1]{fontenc}
\usepackage[ngerman]{babel}
\usepackage[babel,german=quotes]{csquotes}
\usepackage{lmodern}
\usepackage{color}
\usepackage[table]{xcolor}
\usepackage[pict2e]{struktex} % fuer Struktogramme (siehe Hauptteil)
\usepackage{listings} % fuer code schnipsel
\usepackage{graphicx} % einbinden von Bildern etc.
\usepackage{tikz} % fuer Vektorgrafiken
\usepackage[export]{adjustbox} % border um grafik in tikz
\usepackage{pgfplots}
% \usepackage{pgf-uml}
\usepackage[german]{fancyref} % fuer Referenzierung von Abbildungen, ohne [german] Kleinschreibung
\usepackage{tabularx}
\usepackage{amssymb} % fuer tabularx
\usepackage{amsmath} % fuer \align im mathemodus
\usepackage{textcomp}
\usepackage{appendix}
\usepackage{wrapfig} % grafik und text nebeneinander
\usepackage{float} % fuer [H] um figure auf Seite zu zwingen. Muss vor hyperref geladen werden
\usepackage[hidelinks]{hyperref}
\usepackage{transparent}
\usepackage{subcaption} % for subfigures
\usepackage{pdfpages}
\usepackage{enumitem}
\ No newline at end of file
% Definitionen von Farben
\definecolor{pblue}{rgb}{0.13,0.13,1}
\definecolor{pgreen}{rgb}{0,0.5,0}
\definecolor{pred}{rgb}{0.9,0,0}
\definecolor{pgrey}{rgb}{0.46,0.45,0.48}
% eigene commands
\newcommand{\good}{\textbf{\checkmark}}
\newcommand{\bad}{\textbf{\texttimes}}
\newcolumntype{Z}{>{\centering\let\newline\\\arraybackslash\hspace{0pt}}X}
% neuer operator fuer mathemodus
\DeclareMathOperator{\atantwo}{atan2}
% einstellungen fuer tikz border (frame)
\setlength{\fboxsep}{0pt}% abstand zum bild
\setlength{\fboxrule}{1pt}% dicke der linie
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
% Alles fuer Bachelor Arbeit %
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
\ifreport
% nur hier und nicht in Praesentation, da dort Fehler
\usepackage{enumitem}
% Bibliographie
\usepackage[backend=biber,sorting=none]{biblatex} % sorting=none: Reihenfolge der Zitate in der Arbeit wird genommen
\addbibresource{data/content/literatur.bib}
\NewBibliographyString{gethesis} % Master- und Diplomarbeit definieren
\DefineBibliographyStrings{ngerman}{%
mathesis = {Masterarbeit},
gethesis = {Diplomarbeit},
}
% tikzlibraries
\usetikzlibrary{shadows}
\usetikzlibrary{decorations.pathreplacing}
% margins
\setlength{\topmargin}{10pt}
\setlength{\headheight}{14.5pt}
\setlength{\voffset}{-0.5cm}
\setlength{\textheight}{22cm}
\setlength{\textwidth}{14cm}
\setlength{\evensidemargin}{1.5cm}
\setlength{\oddsidemargin}{0.5cm}
% 'Anhang' statt 'Appendix' --> appendix ist im language Paket Babel nicht mit drin
% \addto\captionsngerman{\let\appendixtocname\appendixname%
% \let\appendixpagename\appendixname}
% scrreprt (KOMA-script): Abstand neuer Kapitel vom oberen Rand
\renewcommand*{\chapterheadstartvskip}{\vspace*{0.5cm}}
%Header
\usepackage{fancyhdr}
\pagestyle{fancy}
\renewcommand{\chaptermark}[1]{\markboth{\textsc{\ #1}}{}}
\renewcommand{\sectionmark}[1]{\markright{#1\ }{}}
\lhead[\textbf{\thepage} \leftmark]{}
\rhead[]{\rightmark\ \textbf{\thepage}}
\cfoot{}
% redefine plain
\fancypagestyle{plain}{%
% damit ist auch auf 'chapter' Seiten fancy
}
% define Appendix style
\fancypagestyle{end}{%
\fancyhead{}
% \fancyhead[RE]{\chaptername~\thechapter}
\fancyhead[LO]{\textsc{Anhang}} % left odd: Anhang
\fancyhead[LE,RO]{\textbf{\thepage}}
}
% \renewcommand{\baselinestretch}{1.25}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
% Alles fuer Praesentation %
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
\else\ifbeamer
\mode<presentation> {
\usetheme{Juelich}
\setbeamertemplate{slide counter}[showall][] % Foliennummerierung, 2. Argument [] statt 'Folie'
}
\usepackage{helvet} % Schriftart!
% Bibliographie
\usepackage[backend=biber,sorting=none]{biblatex} % sorting=none: Reihenfolge der Zitate in der Arbeit wird genommen
\addbibresource{../latex/data/content/literatur.bib}
\NewBibliographyString{gethesis} % Master- und Diplomarbeit definieren
\DefineBibliographyStrings{ngerman}{%
mathesis = {Masterarbeit},
gethesis = {Diplomarbeit},
}
\nocite{*} % alles auch ohne \cite anzeigen
\renewcommand*{\bibfont}{\tiny} % Schriftgroesse klein, damit nicht 20mio. Folien literatur
%neue commands
\renewcommand{\emph}[1]{\structure{#1}}
% Title page: Juelich leicht abgewandelt
% zeigt Institut mit an ( Datum | Institut | Autor )
\defbeamertemplate*{title page}{Juelich_custom}
{%
\setbox1=\vbox{%
\begin{beamercolorbox}[sep=8pt,left]{subtitle}
\usebeamerfont{subtitle}\inserttitle\par%
\ifx\insertsubtitle\@empty%
\else%
\vskip0.25em%
{\usebeamerfont{subtitle}\usebeamercolor[fg]{subtitle}\insertsubtitle\par}%
\fi%
\end{beamercolorbox}%
\vskip2em\par
\begin{beamercolorbox}[sep=8pt,left]{author}
{\usebeamerfont{date}\usebeamercolor[fg]{author}\insertdate}%
\hskip0.5em%
{\usebeamercolor[fg]{author}\vrule width0.3pt}%
\hskip0.5em%
{\usebeamerfont{author}\usebeamercolor[fg]{author}\insertinstitute}%
\hskip0.5em%
{\usebeamercolor[fg]{author}\vrule width0.3pt}%
\hskip0.5em%
{\usebeamerfont{author}\usebeamercolor[fg]{author}\insertauthor}%
\end{beamercolorbox}\vskip0.5em
{\usebeamercolor[fg]{titlegraphic}\inserttitlegraphic\par}
}%
\moveleft6mm\box1%
}
% Header abgewandelt: zeigt ein navigationspanel an
% 0.7\paperwidth bzw. 0.54\paperwidth anpasssen, je nach Bedarf
\defbeamertemplate*{headline}{show overview} % \setbeamertemplate{headline}[show overview] zum einblenden
{
\usebeamercolor{fzjblue50} % blaue hintergrundfarbe der Box
\setbeamercolor{section in head/foot}{bg=black,fg=white} % weisse und schwarze Schrift der Kapitel
\leavevmode%
\hbox{%
\begin{beamercolorbox}[leftskip=7.5mm,ht=10mm,dp=0mm]{header}
\begin{tikzpicture}
\fill[fill=bg,rounded corners] (0.54,0.04) rectangle(0.665\paperwidth,0.6); % blaue box
\node[anchor= west] at (0.3,0.3){\insertsectionnavigationhorizontal{0.7\paperwidth}{}{\hskip0pt plus1filll}}; % nav.panel
\end{tikzpicture}
\vspace{0.25cm}
\end{beamercolorbox}
}
}
\defbeamertemplate*{headline}{hide overview} % nav.panel ausblenden
{
\begin{beamercolorbox}[leftskip=7.5mm,ht=10mm,dp=0mm]{header}
\end{beamercolorbox}
}
%%% Section als Zwischenfolien im Corporate Design...Sonst funktioniert das section-nav-panel nicht
% \AtBeginSection[]{
% \setbeamertemplate{background canvas}[JuelichTitle]
% \setbeamertemplate{sidebar canvas left}[JuelichTitle]
% \setbeamertemplate{sidebar right}[JuelichTitle]
% \setbeamertemplate{headline}[hide overview]
%
% \begin{frame}[t]
% \vskip-\headheight%
% \vbox{}%
% \vskip48mm%
% \vskip-44pt%
% \usebeamerfont{subtitle}
% \usebeamercolor[fg]{subtitle}
% %%% If Abfragen um langen Section-Titel auf der Folie zu haben
% \ifnum\thesection=1
% 3D-Polarized-Light-Imaging (3D-PLI)
% \else\ifnum\thesection=4
% Zusammenfassung und \insertsection
% \else
% \insertsection
% \fi\fi
% %%%
% \vskip5em\par
% \begin{beamercolorbox}[sep=8pt,left]{author}
% {\usebeamerfont{date}\usebeamercolor[fg]{author}\insertdate}%
% % \hskip0.5em%
% % {\usebeamercolor[fg]{author}\vrule width0.3pt}%
% % \hskip0.5em%
% % {\usebeamerfont{author}\usebeamercolor[fg]{author}Kolloquium}%
% \hskip0.5em%
% {\usebeamercolor[fg]{author}\vrule width0.3pt}%
% \hskip0.5em%
% {\usebeamerfont{author}\usebeamercolor[fg]{author}\insertauthor}%
% \end{beamercolorbox}\vskip0.5em
% % \vfill%
% \end{frame}
% \setbeamertemplate{headline}[show overview]
% \setbeamertemplate{sidebar right}[Juelich]
% \setbeamertemplate{sidebar canvas left}[Juelich]
% \setbeamertemplate{background canvas}[Juelich]
% }
\fi\fi
% Definitionen von Farben
\definecolor{pblue}{rgb}{0.13,0.13,1}
\definecolor{pgreen}{rgb}{0,0.5,0}
\definecolor{pred}{rgb}{0.9,0,0}
\definecolor{pgrey}{rgb}{0.46,0.45,0.48}
% eigene commands
\newcommand{\good}{\textbf{\checkmark}}
\newcommand{\bad}{\textbf{\texttimes}}
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% neuer operator fuer mathemodus
\DeclareMathOperator{\atantwo}{atan2}
% einstellungen fuer tikz border (frame)
\setlength{\fboxsep}{0pt}% abstand zum bild
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%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
% Alles fuer Bachelor Arbeit %
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
\ifreport
% nur hier und nicht in Praesentation, da dort Fehler
\usepackage{enumitem}
% Bibliographie
\usepackage[backend=biber,sorting=none]{biblatex} % sorting=none: Reihenfolge der Zitate in der Arbeit wird genommen
\addbibresource{data/content/literatur.bib}
\NewBibliographyString{gethesis} % Master- und Diplomarbeit definieren
\DefineBibliographyStrings{ngerman}{%
mathesis = {Masterarbeit},
gethesis = {Diplomarbeit},
}
% tikzlibraries
\usetikzlibrary{shadows}
\usetikzlibrary{decorations.pathreplacing}
% margins
\setlength{\topmargin}{10pt}
\setlength{\headheight}{14.5pt}
\setlength{\voffset}{-0.5cm}
\setlength{\textheight}{22cm}
\setlength{\textwidth}{14cm}
\setlength{\evensidemargin}{1.5cm}
\setlength{\oddsidemargin}{0.5cm}
% 'Anhang' statt 'Appendix' --> appendix ist im language Paket Babel nicht mit drin
\addto\captionsngerman{\let\appendixtocname\appendixname%
\let\appendixpagename\appendixname}
% scrreprt (KOMA-script): Abstand neuer Kapitel vom oberen Rand
\renewcommand*{\chapterheadstartvskip}{\vspace*{0.5cm}}
%Header
\usepackage{fancyhdr}
\pagestyle{fancy}
\renewcommand{\chaptermark}[1]{\markboth{\textsc{\ #1}}{}}
\renewcommand{\sectionmark}[1]{\markright{#1\ }{}}
\lhead[\textbf{\thepage} \leftmark]{}
\rhead[]{\rightmark\ \textbf{\thepage}}
\cfoot{}
% redefine plain
\fancypagestyle{plain}{%
% damit ist auch auf 'chapter' Seiten fancy
}
% define bib and appendix style
\fancypagestyle{end}{%
\fancyhead{}
\fancyhead[RE]{\chaptername~\thechapter}
\fancyhead[LO]{\leftmark}
\fancyhead[LE,RO]{\thepage}
}
% \renewcommand{\baselinestretch}{1.25}
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
% Alles fuer Praesentation %
%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%%
\else\ifbeamer
\mode<presentation> {
\usetheme{Juelich}
\setbeamertemplate{slide counter}[showall][] % Foliennummerierung, 2. Argument [] statt 'Folie'
}
\usepackage{helvet} % Schriftart!
% Bibliographie
\usepackage[backend=biber,sorting=none]{biblatex} % sorting=none: Reihenfolge der Zitate in der Arbeit wird genommen
\addbibresource{../latex/data/content/literatur.bib}
\NewBibliographyString{gethesis} % Master- und Diplomarbeit definieren
\DefineBibliographyStrings{ngerman}{%
mathesis = {Masterarbeit},
gethesis = {Diplomarbeit},
}
\nocite{*} % alles auch ohne \cite anzeigen
\renewcommand*{\bibfont}{\tiny} % Schriftgroesse klein, damit nicht 20mio. Folien literatur
%neue commands
\renewcommand{\emph}[1]{\structure{#1}}
% Title page: Juelich leicht abgewandelt
% zeigt Institut mit an ( Datum | Institut | Autor )
\defbeamertemplate*{title page}{Juelich_custom}
{%
\setbox1=\vbox{%
\begin{beamercolorbox}[sep=8pt,left]{subtitle}
\usebeamerfont{subtitle}\inserttitle\par%
\ifx\insertsubtitle\@empty%
\else%
\vskip0.25em%
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\fi%
\end{beamercolorbox}%
\vskip2em\par
\begin{beamercolorbox}[sep=8pt,left]{author}
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{\usebeamercolor[fg]{titlegraphic}\inserttitlegraphic\par}
}%
\moveleft6mm\box1%
}
% Header abgewandelt: zeigt ein navigationspanel an
% 0.7\paperwidth bzw. 0.54\paperwidth anpasssen, je nach Bedarf
\defbeamertemplate*{headline}{show overview} % \setbeamertemplate{headline}[show overview] zum einblenden
{
\usebeamercolor{fzjblue50} % blaue hintergrundfarbe der Box
\setbeamercolor{section in head/foot}{bg=black,fg=white} % weisse und schwarze Schrift der Kapitel
\leavevmode%
\hbox{%
\begin{beamercolorbox}[leftskip=7.5mm,ht=10mm,dp=0mm]{header}
\begin{tikzpicture}
\fill[fill=bg,rounded corners] (0.54,0.04) rectangle(0.745\paperwidth,0.6); % blaue box
\node[anchor= west] at (0.3,0.3){\insertsectionnavigationhorizontal{0.7\paperwidth}{}{\hskip0pt plus1filll}}; % nav.panel
\end{tikzpicture}
\vspace{0.25cm}
\end{beamercolorbox}
}
}
\defbeamertemplate*{headline}{hide overview} % nav.panel ausblenden
{
\begin{beamercolorbox}[leftskip=7.5mm,ht=10mm,dp=0mm]{header}
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}
%%% Section als Zwischenfolien im Corporate Design...Sonst funktioniert das section-nav-panel nicht
\AtBeginSection[]{
\setbeamertemplate{background canvas}[JuelichTitle]
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\setbeamertemplate{sidebar right}[JuelichTitle]
\setbeamertemplate{headline}[hide overview]
\begin{frame}[t]
\vskip-\headheight%
\vbox{}%
\vskip48mm%
\vskip-44pt%
\usebeamerfont{subtitle}
\usebeamercolor[fg]{subtitle}
%%% If Abfragen um langen Section-Titel auf der Folie zu haben
\ifnum\thesection=1
3D-Polarized-Light-Imaging (3D-PLI)
\else\ifnum\thesection=4
Zusammenfassung und \insertsection
\else
\insertsection
\fi\fi
%%%
\vskip5em\par
\begin{beamercolorbox}[sep=8pt,left]{author}
{\usebeamerfont{date}\usebeamercolor[fg]{author}\insertdate}%
% \hskip0.5em%
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\hskip0.5em%
{\usebeamercolor[fg]{author}\vrule width0.3pt}%
\hskip0.5em%
{\usebeamerfont{author}\usebeamercolor[fg]{author}\insertauthor}%
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% \vfill%
\end{frame}
\setbeamertemplate{headline}[show overview]
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\setbeamertemplate{sidebar canvas left}[Juelich]
\setbeamertemplate{background canvas}[Juelich]
}
\fi\fi
\begin{abstract}
abstract
\end{abstract}
\ No newline at end of file
\appendix %\addappheadtotoc
\chapter{Configuration JURECA}
\label{app:jureca}
\begin{figure}[tbhp]
\centering
\includegraphics[width=\linewidth]{data/graphics/JURECA.jpg}
\end{figure}
Hardware Eigenschaften JURECA\footnote{http://www.fz-juelich.de/ias/jsc/EN/Expertise/Supercomputers/JURECA/JURECA\_node.html,\\ Zuletzt besucht am 10. August 2017}:
\begin{itemize}
\item 1872 Rechenknoten
\begin{itemize}
\item Pro Knoten: Zwei Intel Xeon E5-2680 v3 Haswell 12-Kern Prozessoren mit 2,50 GHz
\item 75 Knoten mit zwei NVIDIA K80 GPUs \\
(2$\times$4992 CUDA Kerne, 2$\times$24 GiB GDDR5 Speicher)
\item DDR4-SDRAM (2133 MHz) Technologie: \\
1605 Knoten mit 128 GiB Speicher\\
128 Knoten mit 256 GiB Speicher\\
64 Knoten mit 512 GiB Speicher
\end{itemize}
\item 12 Visualisierungsknoten
\begin{itemize}
\item Zwei Intel Xeon E5-2680 v3 Haswell CPUs pro Knoten
\item Zwei NVIDIA K40 GPUs pro Knoten
\item 10 Knoten mit 512 GiB Speicher
\item 2 Knoten mit 1024 GiB Speicher
\end{itemize}
\item Loginknoten mit 256GiB Speicher pro Knoten
\item 45216 CPU Kerne
\item 100 GiB pro Sekunde Speicheranbindung
\end{itemize}
% \chapter{Benutzeranleitung}
% \label{app:user}
%
% \textit{TODO:\\
% 1) Berechnung Gainfaktoren\\
% 2) Anwendung Gainfaktoren mit MPI}
\ No newline at end of file
\chapter{Conclusion}
\label{cha:conclusion}
\section{Discussion}
\label{sec:disc}
\section{Outlook}
\label{sec:out}
\ No newline at end of file
\chapter{Design}
\label{cha:design}
\section{Design of the Framework}
\label{sec:des}
\section{Proof of Concept}
\label{sec:poc}
\ No newline at end of file
\section*{Eidesstattliche Erkl\"arung}
\thispagestyle{empty} % ueberschreibt 'plain' von \chapter
\label{declaration}
Hiermit versichere ich, dass ich die Masterarbeit mit dem Thema
\textbf{TITEL}
selbstständig verfasst und keine anderen als die angegebenen Quellen und Hilfsmittel
benutzt habe, alle Ausführungen, die anderen Schriften wörtlich oder sinngemäß
entnommen wurden, kenntlich gemacht sind und die Arbeit in gleicher oder ähnlicher
Fassung noch nicht Bestandteil einer Studien- oder Prüfungsleistung war.
Ich verpflichte mich, ein Exemplar der Masterarbeit fünf Jahre aufzubewahren
und auf Verlangen dem Prüfungsamt des Fachbereiches Medizintechnik und Technomathematik
auszuhändigen.
\vspace{2cm}
% Ort Datum Unterschrift Linien
\begin{tabbing}
\rule{5cm}{0.4pt}\=\hspace*{3cm}\=\rule{6cm}{0.4pt}\\
\small{Ort und Datum}\>\>\small{Unterschrift}
\end{tabbing}
\vfill
% Erst/- Zweitbetreuer bzw. Pruefer
\begin{tabular}{ll}
\multicolumn{2}{l}{Diese Arbeit wurde betreut von:} \\ \\
Prof. Dr. rer. nat. Johannes Grotendorst\\
M.Sc. Wouter Klijn\\
\end{tabular}
\vspace*{2cm}
% 2 Spalten fuer...
\begin{tabular}{p{7cm}p{6cm}}
\begin{minipage}[t]{7cm}
Diese Arbeit wurde erstellt am \\
%...Name und Logo vom FZJ
J\"ulich Supercomputing Centre \\
\end{minipage} &
\begin{minipage}{5cm}
\includegraphics[width=\textwidth]{data/graphics/fzjlogo}
\end{minipage} \\
\end{tabular}
% \begin{tabular}{p{10cm}}
% \begin{minipage}[t]{10cm}
% in Kooperation mit dem\\
% Institut für Neurowissenschaften und Medizin (INM-1)
% \end{minipage}
% \end{tabular}
\chapter{Introduction}
\label{cha:intro}
\chapter{Methods and Software}
\label{cha:methods}
\section{Nest - Neural Simulation Tool}
\label{sec:nest}
\section{Elephant - Electrophysiology Analysis Toolkit}
\label{sec:eleph}
\section{Online Analysis}
\label{sec:analysis}
\section{Modular Supercomputing}
\label{sec:modsc}
\ No newline at end of file
\chapter{Implementation and Results}
\label{cha:res}
\section{Results I}
\label{sec:res1}